本书原为1923年秋至1924年春夏间，梁启超在清华等校讲授“中国近三百年学术史”课程的讲义，成书后共分十六讲。中国国家图书馆普通古籍阅览室藏有题为《中国近三百年学术史》的“清华学校讲义”一册，现存第一至十二讲（第十二讲未完）内容，经过与当时听讲者回忆的对照，应即为梁启 超在清华学校的讲义原本。（以下简称“讲义本”）
该书部分章节，在出版单行本前，曾在报刊上发表，计有：
（一）《清代政治之影响于学术者》，即第二、三、四讲“清代学术变迁与政治的影响”（上）、（中）、（下），原载1923年12月1日出版的《晨报五周年纪念增刊》。
（二）《清学开山祖师之顾亭林》，即第六讲“清代经学之建设”中有关顾炎武之部分，原载1924年3月2日至6日《晨报副镌》。
（三）《清代学者整理旧学之总成绩》，相当于单行本第十三至十五讲，原载1924年6月至9月商务印书馆出版的《东方杂志》第21卷第12、13、15-18号。
（四）《中国近三百年学术史》，包含第一至十二讲全部内容，自1924年4月（实则7月以后）至1925年10月（实则11月以后），连载于东南大学史地研究会编、商务印书馆发行的《史地学报》第3卷第1、2合期、第3-8期；经比对，该种即为转载前述“清华学校讲义”本。（上述四种，以下简称“报刊本”）
1926年7月，上海民志书店刊行了《中国近三百年学术史》的首个单行本，至1929年10月已发行至第四版（以下简称“民志本”）。1936年，林志钧主编的《饮冰室合集》由上海中华书局出版，在“专集”部分收入该书，并将报刊本及民志本所用新式标点改为旧式断句，成为此后该书较为通行的版本（以下简称“《合集》本”）。可能由于成书仓促，这两种单行本均有较多印刷错误。
“清华学校讲义”为本书最初版本，亦可视为民志、《合集》两种单行本的母本。早先发表于《东方杂志》等报刊的部分，在收入民志、《合集》二本时稍有增删，但整体内容变化不大。讲义本、报刊本虽为梁氏未定稿，较之后出单行本，错误反而较少。故本次校订，遵循早出讲义本、报刊本为先的原则：
（一）第一讲至第十二讲，见于“清华学校讲义”的部分，以讲义本为底本，参校报刊本及民志、《合集》二本；国图藏讲义本有缺页，补以《史地学报》转载本。
（二）第十三讲至十五讲，见于《东方杂志》的部分，以报刊本为底本，参校民志、《合集》二本。
（三）其余部分，则以较为完整的《合集》本为底本，参校民志本。
具体凡例如下：
1、底本无误者，参校本有异同一般亦不出校记。
2、底本及参校本皆误者，直接在文中修正：拟改之字以［ ］表示，拟增之字以【 】表示，衍字以｛ ｝表示。明显错字、借字，如“已”、“己”、“巳”混用，“很”作“狠”，“著”作“箸”之类，径行在文中改正。
3、参考底本所用标点，转换为现行标点符号；繁体字、异体字改为简化字。底本以“□”表示待补字，“（？）”表示存疑，连续星号（*）表示段落区隔，均予保留。
4、为存梁氏定本面貌，凡后出单行本对讲义本、报刊本有大段增删处，以及章节划分、章节名有更改处，仍依《合集》本为底本，参校民志本，并在校记中说明。但该部分个别字句的增删，则以讲义本、报刊本为主。
5、该书征引前人著作，或转引他书，或仅凭记忆，或隐括大意，与原书字句往往相异。为存梁氏著作风格，除非影响文义或出现知识性错误之处，其他引文与原书字句有出入者，一般不加校改。