清朝统一新疆天山南北后,在全疆各地建立其统治机构,行使中央政府对边疆地区的主权。清朝对新疆的治理主要采用军府制。在伊犁设置总统伊犁等处地方将军,简称伊犁将军,统辖新疆天山南北地区军政事务。在乌鲁木齐、塔尔巴哈台、喀什噶尔、哈密等地分设都统、参赞大臣、办事大臣、领队大臣等官员,分管该地区军政事务。这些驻防将军、都统和大臣等多为满洲或蒙古官员。所以,他们多用满文书写公文向皇帝请示汇报,皇帝也用满文撰写谕旨颁给有关官员。因此,在清代中央国家机关的满文档案内保存下来了近10万件新疆历史资料,时间跨度长达250年。其内容极其丰富,可谓包罗万象,涉及面甚广。主要包括职官、军务、民政、司法、宗教、民族、财政、农业、牧业、矿产、贸易、货币、教育、文化、卫生、地理、交通、运输、工程、外交以及重大历史事件等方面情况,对历史研究具有重要的意义,而且绝大部分未曾公布。